Ring-hydroxylating dioxygenase (RHD) expression in a microbial community during the early response to oil pollution
The early functional response of a bacterial community from the sediments of a chronically oil-polluted retention basin located at the Etang de Berre (France) was investigated just after petroleum addition. After removing hydrocarbon compounds by natural abiotic and biotic processes, the sediments were maintained in microcosms and Vic Bilh petroleum was added. The diversity and the expression of genes encoding ring-hydroxylating dioxygenases (RHD) were examined just after the petroleum addition until 14 days focussing on the first hours following the contamination. RHD gene copy numbers and diversity were maintained throughout all the incubation period; however, transcripts were detected only during the first 2 days. One dominant RHD gene, immediately and specifically expressed in response to petroleum contamination, was related to RHD gene carried by a plasmid found in Pseudomonas spp. The expression of the RHD genes was correlated with high biodegradation levels observed for low molecular weight PAHs at 7 days of incubation. The study shows that the bacterial metabolism induced just after the oil input is a key stage that could determine the bacterial community structure changes. Monitoring the expression of RHD genes, key genes involved in hydrocarbon degradation, may provide useful information for managing bioremediation processes. © 2012 Federation of European Microbiological Societies. Published by Blackwell Publishing Ltd. All rights reserved.
(FEMS Microbiology Ecology. vol. 80, n° 0168-6496, pp. 77-86, 26/06/2026)
IPREM, UPPA, INC-CNRS, CNRS, EEM, IPREM, UPPA, INC-CNRS, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Colonisation et utilisation des habitats estuariens par les poissons migrateurs thalassotoques : approche comparative Seine-Gironde
Ce travail vise à comparer de quelles manières les trois espèces de poissons migrateurs thalassotoques (i.e. qui se reproduisent en mer et vont grandir dans les bassins versants) fréquentant la façade Atlantique : le mulet porc, l'anguille européenne et le flet, colonisent les estuaires de la Seine et de la Gironde et effectue leur croissance. L'hypothèse principale était que leur comportement pouvait être influencé par le niveau de contamination et de pressions anthropiques des estuaires. La démarche retenue pour aborder ces différentes échelles de manière comparative (entre les espèces et entre deux sites situées de manière similaire en Seine et en Gironde) a consisté à examiner : i) la phase de colonisation initiale à un stade très jeune par une approche expérimentale en mésocosme ; ii) la phase de croissance par un suivi en télémétrie acoustique en période estivale ; ii) l'ensemble du cycle vital par une analyse rétrospective à l'aide de la microchimie des otolithes des différents compartiments halins utilisés. Les trois niveaux d'analyse effectués avec des méthodes différentes permettent de dégager des patrons spécifiques (colonisation initiale, phase de croissance, cycle de vie) mais les différences entre les sites ne sont vraiment claires qu'à l'échelle très globale de l'utilisation des différents compartiments. Contrairement à notre hypothèse de départ les jeunes migrateurs thalassotoques parviennent à adopter un comportement spécifique en phase avec un rythme de type circadotidal ou nycthéméral y compris dans une ambiance de type Seine (très chargée en contaminants). Leur comportement est d'ailleurs peu différent dans les ambiances Seine ou Gironde. Il est donc tout à fait possible qu'ils ne soient pas extrêmement perturbés par les contaminants issus des sédiments que ce soit en Seine ou en Gironde. On notera toutefois que les civelles ont construit moins de terriers dans le sédiment de l'ambiance Seine que dans celui de l'ambiance Gironde, on peut imaginer que la plus forte contamination du sédiment de Seine les en dissuade. La fonctionnalité de corridor écologique ne semble donc pas empêchée par la contamination des sédiments. Durant leur phase de croissance en zone tidale d'eau douce les espèces étudiées utilisent des habitats différents selon des patrons temporels spécifiques (par exemple les mulets porcs utilisent les zones intertidales et les bras morts lors des flots de jours ; durant le jour les anguilles demeurent à l'abri dans des enrochements grossiers tandis que durant la nuit elles se déplacent dans des zones profondes à la recherche de leurs proies). Les résultats obtenus sur la Seine sont cohérent avec ceux obtenus sur la Gironde, ainsi dans les deux cas les flets recherchent de zones fraiches (ombre en Gironde, embouchures d'affluents plus frais en Seine), les anguilles présentent une activité principalement nocturne. La réaction des espèces au stress du marquage est très différente selon les espèces. Les mulets quittent très vite le secteur tandis que les anguilles et les flets sont au contraire extrêmement immobiles en "attendant" que leur condition s'améliore. Un épisode hypoxique observé en fin d'été sur la Seine a coïncidé avec un immobilisme des anguilles laissant penser que leur réaction à un stress environnemental pourrait se traduire par le même type de comportement que leur réaction au marquage. Les mulets de la Seine semblent moins inféodés à l'estuaire saumâtre que les mulets de la Gironde, ceci pourrait s'expliquer par la plus grande dimension de l'estuaire de la Gironde. Les anguilles de la Seine et de la Gironde présentent une grande variabilité d'histoires de vie mais on ne peut pas dégager de différences d'utilisation notables des habitats entre la Seine et la Gironde. Chez les flets la contribution des mères ayant utilisé l’eau douce est relativement plus importante en Seine qu'en Gironde. On en déduit une utilisation plus importante des habitats d’eau douce par les flets de Seine en comparaison avec les flets de la Gironde. Il en ressort globalement que les habitats dulcaquicoles de la Seine (trés diversifiés : bathymétrie, substrat, ripisylve…) sont proportionnellement plus utilisés par les espèces thalassotoques que ceux de Gironde. Cela peut s'expliquer par une moindre attractivité (ou une moindre capacité d'accueil) de l'estuaire saumatre de la Seine ou au contraire par une plus grande attractivité (ou une plus grande capacité d'accueil) de l'estuaire dulcaquicole de la Seine. Les comportements mis en évidence sur ces secteurs pourraient servir de référence pour des opérations de restauration.
(pp. 117, 26/06/2026)
UR EPBX, IRSTEA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, UR HBAN, IRSTEA, CSLN
Les cartes auto-organisantes de Kohonen appliquées à l’étude des communautés de micro-algues des cours d’eau
Depuis une quinzaine d’années, les diatomées sont utilisées en routine afin d'évaluer l'état écologique des hydrosystèmes. Toutefois les indices diatomiques classiques ne permettent pas de diagnostiquer finement les différents types de pollution, et intègrent mal les variations naturelles, temporelles ou spatiales des communautés. Le but de ce travail est donc d'utiliser de nouvelles méthodologies biomathématiques et de tester leur pertinence dans un diagnostic de qualité écologique.
(pp. 43, 26/06/2026)
UR REBX, IRSTEA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Storage effect on fluorescence signal of dissolved organic matter components
This article presents a study concerning the storage effect on the fluorescence properties of dissolved organic matter fractions, obtained by ultrafiltration. Protein-like peak, γ, and recent production of organic matter, β, were evidenced through fluorescence spectroscopy in the 0.5 kDa subfractions, while humic substances, α and α', appeared predominantly around 1-3 kDa. Results have shown that storage at 4°C, in darkness, for three months, did not affect the fluorescence properties of water samples.
(Romanian Reports in Physics. vol. 64, n° 1221-1451, pp. 754--760, 26/06/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Distribution of Dinophysis species in the Bay of Biscay and possible transport pathways to Arcachon Bay
Dinophysis is the most harmful toxic phytoplankton on the French coast in terms of its impact on local economy and public health. In Arcachon Bay, Dinophysis spp. have periodically affected shellfish industry for the last ten years; the most important events are analysed in detail in this paper. Regular monitoring revealed that these events originated outside Arcachon Bay in the open ocean. Data from 14 surveys and two coastal networks showed that Dinophysis was primarily found in the vicinity of Capbreton, 100 km south of the mouth of Arcachon Bay. The Dinophysis distribution on the continental shelfwas determined during two surveys in 2005 and 2008: the highest concentrationswere located along the coast and reached 18000 cells.L−1. Analysis of available current data revealed that strong westerlies lead to northward currents of up to 19 cm.s−1. These marinemeteorological conditionswere frequently observed just prior to Dinophysis events and lead us to suggest that northward currents transport Dinophysis from the Capbreton area to Arcachon Bay.
(Journal of Marine Systems, n° 0924-7963, 21/12/2011)
IFREMER, PFOM, IFREMER, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, DYNECO, IFREMER, LIENSs, INSU - CNRS, ULR, CNRS
Seagrass colonization: Knock-on effects on zoobenthic community, populations and individual health
This study provided evidence that Zostera noltii presence affects macrofauna community structure independently from median sediment grain-size and that the notion of ecosystem health is rather subjective: in the present case, we recorded “good health” in terms of seagrass development, “no impact” in terms of macrobenthic biotic indices and “negative effect” for a given key-population. The occurrence and development of a Z. noltii seagrass bed was surveyed at Banc d’Arguin, Arcachon Bay (France), to estimate the modification of the macrozoobenthic community and of the dynamics of a key-population for the local ecosystem, – the cockle Cerastoderma edule. Even though median grain-size of the sediment decreased only at the very end of the survey, i.e. when seagrass totally invaded the area, most of the macrofauna community characteristics (such as abundance and biomass) increased as soon as Z. noltii patches appeared. The structure of the macrofauna community also immediately diverged between sand and seagrass habitats, without however modifying the tested biotic indices (BENTIX, BOPA, AMBI). The health of the cockle population (growth, abundance, recruitment) was impacted by seagrass development. Related parasite communities slowly diverged between habitats, with more parasites in the cockles from seagrass areas. However, the number of parasites per cockle was always insufficient to alter cockle fitness.
(Estuarine, Coastal and Shelf Science. vol. 95, n° 0272-7714, pp. 458-469, 20/12/2011)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Hydrodynamic processes, velocity structure and stratification in natural turbidity currents: Results inferred from field data in the Var Turbidite System
The Var Turbidite System (NW Mediterranean Sea) is fed during the present-day highstand sea level by large earthquake-induced ignitive turbidity currents, low-density turbidity currents resulting from retrogressive failures triggered on the upper continental slope, and hyperpycnal flows related to the Var River floods. Using a large dataset including bathymetric data, side-scan sonar images, seismic-reflection profiles, cores and photographs of the seafloor, this paper attempts to better constrain the hydrodynamic behaviour of debris flows and turbidity currents along the Upper and Middle Valley of the Var Turbidite System. The drastic change of the seafloor morphology between the Upper and the Middle Valley suggests that gravity flows undergo rapid transformation from cohesive to fully turbulent behaviour. This transformation is related to a hydraulic jump caused by an abrupt decrease in slope angle at the transition between the Upper and the Middle Valley and is associated with en masse deposition and elevation of the seafloor. Strong seafloor erosion prevails in the Middle Valley, suggesting that, for a low and constant slope angle, turbulent flows must regain a balance between concentration and flow thickness rapidly after they experience hydraulic jump. The internal stratification and vertical grain-size distribution within turbulent flows are inferred from the distribution of fine- to coarse-grained turbidites found in cores located along the crest of the Var Sedimentary Ridge with a decreasing elevation above the floor of the Middle Valley. The theoretical vertical velocity profile deduced from the vertical grain-size distribution exhibits a general trend and an inflection of the gradient curve different from those of the velocity profiles classically obtained using numerical modelling.
(Sedimentary Geology. vol. 245-246, n° 0037-0738, pp. 48-62, 16/12/2011)
GEOAZUR 6526, IRD, UPMC, UNS, INSU - CNRS, UniCA, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, GM, IFREMER
Végétation et climat de la Patagonie chilienne au cours des derniers 20 000 ans d’après les données polliniques marines
Dans le contexte du réchauffement climatique, les enregistrements paléoclimatiques à différentes échelles temporelles et spatiales apparaissent essentiels pour comprendre les mécanismes du climat. La Patagonie Chilienne (41°S à 56°S) parcourue du Nord au Sud par les Andes représente une contrainte topographique majeure sur les circulations atmosphériques et océaniques. Cette région est la seule qui intercepte la totalité de la ceinture des vents d'ouest austraux et constitue donc une zone clé pour étudier les changements paléoenvironnementaux et comprendre les mécanismes océan-atmosphère et leurs interactions aux moyennes et hautes latitudes de l'hémisphère sud. Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse sont : (1) de tester l’analyse pollinique dans les sédiments marins de cette région, (2) d’étudier les modifications des paléoenvironnements continentaux au cours des 20 000 dernières années à partir de deux carottes océaniques de la campagne "PACHIDERME" (MD07-3088 et MD07-3104) et (3) de déterminer leurs liens avec l’activité des vents d’ouest et avec l’influence de ces vents dans l’hémisphère sud et donc sur le climat à l’échelle globale. Les analyses polliniques dans les sédiments marins de surface à l’intérieur et à l’extérieur des fjords de la Patagonie reflètent fidèlement la végétation actuelle développée sur le continent le plus proche, ce qui prouve la validité de la palynologie marine dans cette région. Au niveau de la péninsule de Taitao (46°S), l’expansion des forêts nord patagoniennes après 17.6 ka marque le début de la déglaciation. Cette dernière est interrompue par un évènement froid et humide, l’Antarctic Cold Reversal (ACR) qui s’exprime ici par le développement des tourbières de Magellan et est lié à l’intensification des vents d’ouest. Le développement de taxons héliophiles à ~11 ka illustre le début de l’Holocène sous des conditions plus chaudes et plus sèches qui sont également enregistrées autour du Fjord de Reloncavi (41°S). Ces conditions persistent jusqu’à ~8-7 ka, puis les changements de végétation aux cours de l’Holocène montrent une variabilité climatique plus importante évoluant vers un climat plus froid et plus humide qui se renforce au nord de la Patagonie après ~6-5 ka puis pendant l’Holocène supérieur. La comparaison de nos résultats avec les données paléoclimatiques de la région souligne les déplacements de la ceinture des vents d’ouest. Après une descente rapide vers le sud au début de la déglaciation, cette ceinture des vents d’ouest remonte vers le nord pendant l’ACR avant de redescendre à nouveau vers le sud à l’Holocène proche de sa position actuelle. Ce phénomène appuie l’hypothèse d’un lien entre les variations du CO2 atmosphérique et la ceinture des vents d’ouest jusqu’au début de l’Holocène. A partir de l’Holocène moyen et supérieur, la ceinture des vents d’ouest s’élargit avec un léger retour vers le nord probablement lié à la mise en place d’El Niño au niveau de l’océan Pacifique tropical.
(12/12/2011)
LSCE, UVSQ, INSU - CNRS, CNRS, DRF (CEA), CEA
Développement des méthodes analytiques pour la détection et la quantification de traces des HAP et de pesticides dans l'eau. Application à l'évaluation de la qualité des eaux libanaises.
La pollution des eaux est particulièrement problématique pour les pays industrialisés et les pays en développement. Des suivis environnementaux se sont alors avérés nécessaires afin de progresser dans la compréhension des origines et des conséquences de la présence de ces polluants. Parmi les polluants organiques les plus dangereux, les Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP) et les pesticides qui peuvent se retrouver à l'état de traces dans les milieux aquatiques. Leur analyse nécessite des méthodes analytiques à la fois spécifiques et sensibles. L'Extraction sur Phase Solide (SPE) suivi d'une analyse par la Chromatographie Gazeuse couplée à la Spectrométrie de Masse (GC-MS) est la méthode la plus couramment employée. Les travaux de thèse s'inscrivent ainsi dans l'optique générale visant à développer des nouvelles méthodes analytiques pour l'extraction et l'analyse de ces deux familles de polluants organiques présents dans l'eau. Afin de pallier les contraintes classiques de la SPE, une nouvelle approche a été développée qui consiste à introduire la technique de centrifugation dans certaines étapes de la procédure SPE. La nouvelle méthode élaborée a permis de réduire considérablement le temps de préparation et d'économiser l'utilisation et le rejet des solvants organiques, en réduisant presque 10 fois les volumes nécessaires à l'obtention des rendements de récupération satisfaisants. Une méthode d'analyse par injection à température programmable (PTV) a été optimisée afin d'améliorer les seuils de détection des HAP. Cette étude a permis également d'avoir les informations sur la qualité des eaux de pluie, eaux souterraines et eaux de surface au Liban quant au niveau de leur contamination pour les HAP et les pesticides.
(08/12/2011)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, CNRS-L
Comparison of earthquake-triggered turbidites from the Saguenay (Eastern Canada) and Reloncavi (Chilean margin) Fjords: implications for paleoseismicity and sedimentology
High-resolution seismic profiles along with physical and sedimentological properties of sediment cores from the Saguenay (Eastern Canada) and Reloncavi (Chile) Fjords allowed the identification of several decimeter to meter-thick turbidites. In both fjords, the turbidites were associated with large magnitude historic and pre-historic earthquakes including the 1663 AD (M > 7) earthquake in the Saguenay Fjord, and the 1960 (M 9.5), 1837 (M ~ 8) and 1575 AD major Chilean subduction earthquakes in the Reloncavi Fjord. In addition, a sand layer with exoscopic characteristics typical of a tsunami deposit was observed immediately above the turbidite associated with the 1575 AD earthquake in the Reloncavi Fjord and supports both the chronology and the large magnitude of that historic earthquake. In the Saguenay Fjord, the earthquake-triggered turbidites are sometimes underlying a hyperpycnite associated with the rapid breaching and draining of a natural dam formed by earthquake-triggered landslides. Similar hyperpycnal floods were also recorded in historical and continental geological archives for the 1960 and 1575 AD Chilean subduction earthquakes, highlighting the risk of such flood events several weeks or months after main earthquake. In both fjords, as well as in other recently recognized earthquake-triggered turbidites, the decimeter-to meter-thick normally-graded turbidites are characterized by a homogeneous, but slightly fining upward tail. Finally, this paper also emphasizes the sensitivity of fjords to record historic and pre-historic seismicity.
(Sedimentary Geology. vol. 243-244, n° 0037-0738, pp. 89-107, 01/12/2011)
ISMER, UQAR, ISTO, INSU - CNRS, UO, UT, CNRS, M2C, UNICAEN, NU, INSU - CNRS, UNIROUEN, NU, CNRS, ISTO, INSU - CNRS, UO, UT, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, LEHNA IPE, LEHNA, UCBL, ENTPE, CNRS, ULISBOA, GEOTOP, EPM, UdeM, UQAT, UQAR, UQAM, IPEV, M.E.N.E.S.R., LERN, ULaval