RAD sequencing reveals within-generation polygenic selection in response to anthropogenic organic and metal contamination in North Atlantic Eels
(Molecular Ecology. vol. 25, n° 0962-1083, pp. 219--237, 22/06/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, INRS, IBIS, ULaval
Stable isotope ratios in bentho-demersal biota along a depth gradient in the Bay of Biscay: A multitrophic study
Although stable isotope ratios are increasingly used to investigate the trophic ecology of marine organisms, their spatial variations are still poorly understood in the coastal environment. In this study, we measured the stable isotope composition (delta C-13, delta N-15) of suspended particulate organic matter (SPOM) (primary producer), a suspension feeder, the great scallop Pecten maximus (primary consumer), megabenthic decapods and benthic fishes (secondary consumers) along a depth gradient (from 5 m to 155 m depth) across the continental shelf of the Bay of Biscay. Although the three trophic levels exhibited similar delta C-13 patterns along the gradient, the delta N-15 patterns varied between SPOM, scallops and carnivores. The delta N-15 difference between SPOM and scallops decreased with increasing depth, suggesting that non trophic factors may affect the stable isotope composition of scallops at deepest sampling stations. An opposed trend was found between scallops and carnivores, suggesting that the trophic level of these carnivores increased at higher depth, possibly as an adaptation to lower prey abundances. Although our results suggest that primary consumers are suitable to establish isotopic baselines in coastal environments, we stress the need for further studies aiming at characterizing the variability of stable isotopes in coastal biota, and the respective effects of baseline, trophic and metabolic factors in their isotopic composition.
(Estuarine, Coastal and Shelf Science. vol. 179, n° 0272-7714, pp. 201-206, 22/06/2026)
LEMAR, IRD, IFREMER, UBO EPE, CNRS, IRD, UBO EPE, CNRS, LIENSs, INSU - CNRS, ULR, CNRS, EMH, IFREMER, IUEM, IRD, INSU - CNRS, UBO EPE, CNRS, ESE, INRA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
The Ponto-Caspian basin as a final trap for southeastern Scandinavian Ice-Sheet meltwater
This paper provides new data on the evolution of the Caspian Sea and Black Sea from the Last Glacial Maximum until ca. 12 cal kyr BP. We present new analyses (clay mineralogy, grain-size, Nd isotopes and pollen) applied to sediments from the river terraces in the lower Volga, from the middle Caspian Sea and from the western part of the Black Sea. The results show that during the last deglaciation, the Ponto-Caspian basin collected meltwater and fine-grained sediment from the southern margin of the Scandinavian Ice Sheet (SIS) via the Dniepr and Volga Rivers. It induced the deposition of characteristic red-brownish/chocolate-coloured illite-rich sediments (Red Layers in the Black Sea and Chocolate Clays in the Caspian Sea) that originated from the Baltic Shield area according to Nd data. This general evolution, common to both seas was nevertheless differentiated over time due to the specificities of their catchment areas and due to the movement of the southern margin of the SIS. Our results indicate that in the eastern part of the East European Plain, the meltwater from the SIS margin supplied the Caspian Sea during the deglaciation until ∼13.8 cal kyr BP, and possibly from the LGM. That led to the Early Khvalynian transgressive stage(s) and Chocolate Clays deposition in the now-emerged northern flat part of the Caspian Sea (river terraces in the modern lower Volga) and in its middle basin. In the western part of the East European Plain, our results confirm the release of meltwater from the SIS margin into the Black Sea that occurred between 17.2 and 15.7 cal kyr BP, as previously proposed. Indeed, recent findings concerning the evolution of the southern margin of the SIS and the Black Sea, show that during the last deglaciation, occurred a westward release of meltwater into the North Atlantic (between ca. 20 and 16.7 cal kyr BP), and a southward one into the Black Sea (between 17.2 and 15.7 cal kyr BP). After the Red Layers/Chocolate Clays deposition in both seas and until 12 cal kyr BP, smectite became the dominant clay mineral. The East European Plain is clearly identified as the source for smectite in the Caspian Sea sediments. In the Black Sea, smectite originated either from the East European Plain or from the Danube River catchment. Previous studies consider smectite as being only of Anatolian origin. However, our results highlight both, the European source for smectite and the impact of this source on the depositional environment of the Black Sea during considered period.
(Quaternary Science Reviews. vol. 148, n° 0277-3791, pp. 29-43 (IF 4,521), 22/06/2026)
GEOPS, UP11, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, GM, IFREMER, RMCA
Three non-indigenous species of Aoroides (Crustacea: Amphipoda: Aoridae) from the French Atlantic coast
The amphipod genusAoroidesis reported for the first time in European marine waters. Specimens ofAoroides semicurvatusandAoroides curvipeswere collected in oyster reefs in Arcachon Bay between 2009 and 2014 and in Hossegor Lake in 2014 (SW France). Specimens ofAoroides longimeruswere collected in 2013 and 2014 in subtidal slipper limpet beds andZostera marinameadows in Arcachon Bay and in 2014 on floating pontoons in the Bay of Brest (W France). These species, native to Asia, may have been accidentally introduced in Arcachon Bay and Hossegor Lake with oyster transfers and in the Bay of Brest through both oyster transfers and shipping.
(Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, n° 0025-3154, pp. 1-9, 21/12/2015)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Étude de la variabilité des conditions océanographiques et climatiques en Antarctique de l'Est (Terre Adélie-Georges V) au cours de l'Holocène tardif et de la période instrumentale
La banquise Antarctique joue un rôle important sur les flux de chaleur et les échanges de gaz à l'interface océan-atmosphère, sur la circulation océanique globale, sur l'albédo et la productivité primaire de l'Océan Austral. Cependant, du fait de son éloignement et d'un climat extrême, cette région reste à ce jour encore peu étudiés, et représente un verrou pour les modèles prédictifs du climat. De plus, de récentes observations ont montré que le continent Antarctique présente des tendances régionales, dont les causes et les mécanismes sont encore mal compris. Les reconstructions paléoclimatiques de températures tendent à montrer que ces disparités régionales ont également caractérisé la période Holocène. L'Holocène tardif représente la période sur laquelle le réchauffement récent se produit et est également caractérisée par des variations climatiques rapides généralement de plus faibles amplitudes. Afin de mieux évaluer ces changements, l'étude fine des conditions environnementales passées en Antarctique au cours de l'Holocène tardif est essentielle afin d'isoler la part de variabilité climatique naturelle de la part anthropique. Bien qu'un vaste réseau de carottes de glace en Antarctique constitue une base d'informations robuste sur la variabilité atmosphérique passée dans l'Hémisphère Sud, l'étude des conditions paléocéanographiques est contrainte dans la région par le nombre limité d'enregistrements sédimentaires marins,et qui de plus, tendent à être de faible résolution, trop courts ou discontinus. Notre étude porte sur la zone marginale du plateau de la Terre Adélie-Georges V en Antarctique de l'Est, qui a reçu peu d'attention jusqu'à présent, malgré la présence de séquences sédimentaires très épaisses et laminées, permettant la reconstruction fine des variations climatiques passées. Nos travaux ont été réalisés à partir de plusieurs enregistrements sédimentaires marins, couvrant la période instrumentale et jusqu'aux deux derniers millénaires. Nos résultats montrent que les assemblages de diatomées, les biomarqueurs spécifiques des diatomées, ainsi que de la géochimie élémentaire du sédiment traduisent efficacement des variations océanographiques et climatiques locales et aussi régionales à l'échelle interannuelle à centennale. La dynamique couplée océan-atmosphère en lien avec les modes climatiques principaux de l'Hémisphère Sud, ainsi que la dynamique glaciaire constituent les mécanismes de forçage majeurs des changements du couvert de banquise au court de l'Holocène tardif.
(18/12/2015)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Etude des composés polyaromatiques dans l’atmosphère : caractérisation moléculaire et processus réactionnels en lien avec l’aérosol organique
Ce travail de thèse a eu pour objectif une meilleure caractérisation, au niveau moléculaire, de l’aérosol organique atmosphérique, en lien avec les composés polyaromatiques. Cette étude s’est articulée autour de deux approches différentes mais complémentaires. Une étude de terrain conduite à Grenoble a permis d’appréhender les niveaux de concentration, la variabilité saisonnière et la répartition gaz/particule des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), oxy-HAP (OHAP) et nitro-HAP (NHAP), pendant une année entière. Ce travail de terrain a aussi permis d’appréhender les sources primaires et secondaires des OHAP et NHAP ainsi que de proposer des molécules marqueurs de ces processus de formation. Une étude complémentaire conduite en chambre de simulation atmosphérique a, quant à elle, eu pour but l’investigation de la formation d’aérosol organique secondaire (AOS), suite à la photooxydation du naphtalène et du 2-méthylnaphtalène. L’identification de la formation de produits organosoufrés de type organosulfates et sulfonates, à partir de la photooxydation de HAP gazeux, a été mise en évidence pour la première fois lors de cette thèse, ce qui a permis de proposer ces composés comme des marqueurs de formation d’AOS à partir des HAP. La capacité de ces AOS à absorber le rayonnement UV-Visible a été appréhendée et les molécules responsables de cette absorption ont été identifiées. Une caractérisation chimique poussée de l’AOS a mis en évidence sa dépendance aux différentes conditions expérimentales (type de particules d’ensemencement, acidité et humidité relative) et a conduit à l’identification et à la proposition de nouvelles voies réactionnelles.
(17/12/2015)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Contribution à une approche intégrée pour la prévention de la flavobactériose dans les élevages de truites arc-en-ciel
Flavobacterium psychrophilum est le pathogène de la maladie de l’eau froide ou du syndromede l’alevin qui provoque des pertes économiques importantes dans les élevages de truite arc-en-cielen Aquitaine. Au cours de cette thèse, nous avons développé dans un premier temps un nouveau testqPCR TaqMan en duplex qui cible les gènes (i) adnr16S de F. psychrophilum et (ii) β-actine de latruite arc-en-ciel ; il permet de déterminer le taux d’infection de tissus contaminés au cours d’unemême analyse.Dans un second temps, nous avons cherché à objectiver trois approches préventives quipourraient être mises en oeuvre pour limiter l’infection à F. psychrophilum dans les élevages. Lacaractérisation de biocides classiquement utilisés par la filière aquacole a permis de proposer auxaquaculteurs des méthodes de désinfection réellement efficaces contre F. psychrophilum mais quin’affectent pas le développement des oeufs ni des futurs alevins. En parallèle, l’impact de la mise enplace de traitement probiotiques a été caractérisé à la surface des oeufs, à la surface du mucus et/oule long du système digestif, dès les tout premiers stades de développement des truites, sur le nombreet l’intensité des crises de flavobactériose dans les élevages. Deux traitements microbiens ont étéretenus : l’E112® (DOXAL-FRANCE, Pessac) et le Bactocell® (LALLEMAND, Toulouse). Enfin, troispréparations vaccinales ont été préparées (« Adjuvant », « Autovaccin » et « Membrane Externe ») ettestées pour leur capacité à protéger les poissons de la flavobactériose.
(16/12/2015)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Ecodynamique des composés poly- et perfluoroalkylés dans les écosystèmes aquatiques
Les tensioactifs poly- et perfluoroalkylés (PFAS) sont des composés d’origine anthropique produits à partir des années 1950 et qui sont désormais considérés comme des polluants ubiquistes. La première partie de ce travail a consisté à optimiser et valider des procédures pour l’analyse ultra-trace des PFAS. Ces méthodes ont ensuite été utilisées afin d’apporter de nouveaux éléments de réponse sur l’occurrence et la dynamique des PFAS dans les environnements aquatiques. Une attention particulière a été accordée aux valeurs censurées ( (16/12/2015) EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
20,000 years of Nile River dynamics and environmental changes in the Nile catchment area as inferred from Nile upper continental slope sediments
Multi-proxy analysis of two marine sediment cores (MS27PT and MD04-2726) from the Nile continental slope provides evidence of changes in Nile sediment discharge related to changes in Ethiopian African Monsoon (EAM) precipitation, and allows us to reconstruct changes in Nile River runoff, vegetation and erosion in the Nile headwaters. Sediment element composition and neodymium isotopic composition reveal significant changes in clastic sediment provenance, with sources oscillating between a Saharan aeolian contribution during the Last Glacial Maximum/deglacial transition and during the Late Holocene, and a Blue/Atbara Nile fluvial contribution during the African Humid Period (AHP). This study provides a new understanding of past environmental changes. Between 14.6 and 14.13 ka there was a major input of sediments from the Ethiopian Highlands, consistent with a stronger EAM at that time. Climate in the Nile basin was wetter between 14.8 and 8.4 ka, with a corresponding increase in Blue Nile water and sediment discharge via the main Nile into the Eastern Mediterranean. The gradual climatic transition from the AHP to the present-day dry climate was reflected in a decrease in Blue Nile sediment deposition and flood discharge between 8.4 and 3.7 ka, with aridity at a maximum between 3.7 and 2.6 ka. The onset of drier conditions in the Blue Nile basin seems to have begun before the 8.2 ka cooling event in the North Atlantic. We speculate that the climatic change from the wet AHP to the dry late Holocene may have been a result of a break in the low latitude dynamic equilibrium between climate, vegetation and erosion, which may in turn have affected the climate in higher latitudes. Reduced Nile flow may also have had an impact on Levantine Intermediate Water originating in the Eastern Mediterranean through an increase in intermediate water formation.
(Quaternary Science Reviews. vol. 130, n° 0277-3791, pp. 200-221, 15/12/2015)
GEOAZUR 7329, INSU - CNRS, UniCA, CNRS, IRD [Occitanie], IRD, UniCA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, GEOPS, UP11, CNRS, INSU - CNRS, UM, CNRS, UA, OOVM, UPMC, INSU - CNRS, CNRS
Morphologie, architecture et dynamique sédimentaire d'une pente carbonatée moderne : le Great Bahama Bank (Bahamas)
Une analyse de données de sondeur multifaisceaux, de sondeur de sédiments (Chirp) et de sismique multitraces, présente la morphologie et la dynamique sédimentaire actuelle ainsi que l’évolution architecturale et stratigraphique du Néogène-Quaternaire opérant le long d’une marge leeward, au nord-ouest du Great Bahama Bank. L’analyse morpho-bathymétrique révèle un talus dominé par de la boue aragonitique, et une grande variété de structures sédimentaires, liées à des processus hydrodynamiques diversifiés. Les courants de density cascading associés aux courants de marée et aux vents d’est représentent les mécanismes de transports édimentaire dominant le long de la marge. La zone de Bimini présente localement un talus court et abrupt,stabilisé en bordure de plate-forme par une barrière récifale, ce qui limite l’export off-bank de sédiments.L’architecture stratigraphique montre une évolution complexe du talus au cours du Néogène. La fin du Paléogène est marquée par un talus continu aggradant détaché de la plate-forme par un escarpement sur faille. Ilpasse à un système très peu incliné de type slope-apron, attaché à la plate-forme au Miocène et se termine par un système en accrétion fortement incliné au Pléistocène. Bien que les dépôts de talus soient dominés par de la boue, ils présentent des variations latérales rapides du Sud au Nord tout au long du Néogène (< 30 km) avec la mise en place de tabliers turbiditiques, de nappes de débrites, et de larges Mass Transport Complexes. Ces faciès interagissent depuis le Langhien avec le Santaren Drift qui s’étend et migre progressivement le long du talus jusqu’à aujourd’hui. Le maximum d’empiétement des contourites se produit au Pliocène supérieur et coïncide avec une réorganisation océanographique globale ainsi que des changements climatiques majeurs dans l’hémisphère nord liés à la fermeture de la Central American Seaway.
(14/12/2015)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS