PhytoCOTE : un projet intégratif des usages de pesticides dans le vignoble Bordelais, de leurs transferts et impacts sur les écosystèmes, des effets de changement de pratiques
Le projet de recherche PhytoCOTE qui a débuté mi-2015 pour une période de quatre ans, est une émanation du groupe "Pesticides" du LabEx COTE de l'Université de Bordeaux. Il présente un double objectif : le premier est de réunir autour d'une même thématique des laboratoires des Sciences du vivant et de l'environnement et des Sciences Humaines et Sociales ; le deuxième est de mettre en ½uvre des travaux de recherche dans une démarche originale d'intégration, relatifs à l'usage des pesticides dans les agrosystèmes, à leurs transferts dans les écosystèmes connexes, à la bioaccumulation et à leur toxicité potentielle dans le continuum écosystème agricole - écosystème estuarien ; ainsi que l'évaluation des effets de changements de pratiques par modélisation de différents scenarii. Les multiples approches scientifiques de ce projet justifient une intervention pluridisciplinaire (agronomie, chimie environnementale, hydrobiologie, écologie, écotoxicologie, socio-économie). Le projet vise ainsi en premier lieu à caractériser les pratiques agricoles et particulièrement la pression anthropique phytosanitaire sur des parcelles culturales notamment viticoles de la zone d'étude située dans le Blayais (rive droite de l'estuaire de la Gironde). L'analyse des modes de conduite agricole (conventionnel, agrobiologie, agroécologie,…) et la modélisation du comportement décisionnel des agriculteurs face aux choix des traitements a pour but d'anticiper la tendance d'évolution des usages de pesticides. Les résultats permettront d'établir des scenarii de changements des pratiques de protection phytosanitaire et d’analyser comment ces choix pourraient être influencés par les politiques publiques. Parallèlement, le site d'étude nouvellement étudié fera tout d’abord l'objet d'un état des lieux de la contamination des agrosystèmes par les pesticides, ce qui permettra de sélectionner quelques parcelles contrastées (contaminées par les pesticides organiques et/ou inorganiques) pour les études de transfert des composés vers les cours d’eau du petit bassin versant et vers l’atmosphère. La caractérisation de la dynamique spatio-temporelle des concentrations en pesticides sera réalisée simultanément dans les différents compartiments environnementaux (eaux de surface, eaux souterraines, sols et air) pendant une année complète de traitements phytosanitaires, et ce à deux échelles imbriquées, celle de la parcelle et celle du petit bassin versant (jusqu’à l’estuaire). Ces suivis seront réalisés par échantillonnage classique et par échantillonnages passif (sol, eaux et air) ou actif (air). La bioaccumulation des pesticides dans les organismes aquatiques sera également évaluée en utilisant des biofilms développés in situ et des bivalves d’eau douce (corbicules) transplantés en cage pendant un mois en amont et en aval des parcelles, parallèlement aux déploiements des échantillonneurs passifs. Les descripteurs de l'épaisseur et de l'élasticité des biofilms seront suivis en parallèle. De même, le potentiel toxique des pesticides dans les hydrosystèmes sera examiné i) sur les biofilms et les bivalves encagés en utilisant une approche transcriptomique (à l'échelle génomique), ii) sur des extraits d'échantillonneurs passifs, déployés dans les cours d’eau conjointement avec les biofilms et les bivalves en cage, en utilisant des micro-algues et des larves d'huîtres dans des conditions de laboratoire et iii) sur des extraits d’eau et de sédiment sur des larves et des embryons de poissons dans des conditions de laboratoire. Une simulation de l'effet de bonnes pratiques agroécologiques sur le site d'étude retenu devrait permettre d'acquérir des connaissances relatives aux conditions concrètes d’une réduction des usages des produits phytosanitaires. D'abord une analyse et modélisation multicritère permettra de mettre en évidence les zones à risque de transfert, en intégrant des critères de nature quantitative (pentes des terrains, quantités de pesticides appliqués,…) mais aussi qualitative (types de voies de transfert des molécules, efficacité des zones tampons…) en association avec une évaluation des flux potentiels transférés par modélisation agro-hydrologique. Une modélisation bioéconomique conduira à l'évaluation des contraintes et coût des réductions d’usage des pesticides proposées et de leur acceptabilité en termes de capacité des exploitations au changement de pratiques de production. Les résultats obtenus à partir des différents scenarii seront ensuite traités par modélisation multicritère afin de les prioriser en fonction des préférences des acteurs économiques et environnementaux ; cette capacité à atteindre les objectifs de maîtrise des intrants phytosanitaires restant un élément majeur d'appréciation de la durabilité des agroécosystèmes. Les résultats obtenus feront l'objet d'une démarche de valorisation et de transfert auprès des acteurs professionnels (agriculteurs-viticulteurs-conseillers) en vue d'apprécier les conséquences des pratiques agricoles mises en ½uvre, et le cas échéant de leurs modifications, sur les processus de transferts des pesticides et leurs impacts environnementaux. Nous présenterons ici la méthodologie générale déployée en vue de l'intégration des différentes questions de recherche développées de façon structurée.
(22/06/2026)
UR ETBX, IRSTEA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Is herbicide toxicity on micro-algae influenced by the natural Dissolved Organic Matter (DOM)?
Les microalgues, en tant que producteurs primaires, sont à la base des réseaux trophiques aquatiques : elles peuvent donc être directement impactées par les herbicides. Dans l’environnement aquatique, la matière organique dissoute (MOD) peut également influencer les microalgues. La présente étude avait pour but d’étudier l’impact de la MOD naturelle (provenant du Bassin d’Arcachon) sur la toxicité de trois herbicides (irgarol (I), diuron (D) et S-métolachlore (S)), seuls et en mélange, pour deux micro-algues marines: Chaetoceros calcitrans (Cc) et Tetraselmis suecica (Ts), en cultures monospécifiques en laboratoire. Après une exposition de six jours à chaque herbicide (I0,05 et I0,5 µg.L-1; D0,05 et D0,5 µg.L-1; S0,5 et S5 µg.L-1) et à deux mélanges (M1: I0,05+D0,05+S0,5 et M2: I0,5+D0,5+S5), en présence ou non de MOD, les effets ont été évalués sur la croissance, l’efficacité photosynthétique, la quantité relative d’espèces réactives de l’oxygène et le contenu lipidique relatif. En l’absence de MOD, les conditions I0,5 et M2 ont significativement affecté les deux espèces : inhibition de la croissance et de l’efficacité photosynthétique et diminution du contenu lipidique relatif. Les impacts de M2 sur Cc ont été similaires aux effets induits par I0,5 ; en revanche pour Ts, la toxicité de M2 a été supérieure, suggérant une probable synergie entre les molécules. En présence de MOD, des effets significatifs de I0,5 et M2 ont également été observés sur les deux espèces : alors que les effets ont été amoindris en présence de MOD chez Cc, ils ont été amplifiés chez Ts. La présence de MOD naturelle a donc influencé la toxicité des herbicides de façon opposée chez les deux espèces. Ces résultats peuvent être expliqués partiellement par la complexation entre la MOD et les herbicides. En effet, des études ont montré que la MOD pouvait moduler la biodisponibilité des pesticides et des métaux selon la capacité des microalgues à pouvoir réaliser ou non de l’hétérotrophie (mécanisme favorisant la pénétration des molécules dans les cellules). Les variations de toxicité observées dans cette étude pourront être interprétées plus précisément avec les résultats des analyses chimiques en cours d’acquisition (MOD, herbicides et carbone organique dissous).
(pp. 26, 22/06/2026)
UR EABX, IRSTEA, IFREMER, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Wide range of metallic and organic contaminants in various tissues of the Antarctic prion, a planktonophagous seabird from the Southern Ocean
Trace elements (n=14) and persistent organic pollutants (POPs, n=30)were measured in blood, liver, kidney, muscle and feathers of 10 Antarctic prions (Pachyptila desolata) from Kerguelen Islands, southern Indian Ocean, in order to assess their concentrations, tissue distribution, and inter-tissue and inter-contaminant relationships. Liver, kidney and feathers presented the highest burdens of arsenic, cadmium and mercury, respectively. Concentrations of cadmium, copper, iron, and zinc correlated in liver and muscle, suggesting that uptake and pathways of metabolism and storage were similar for these elements. The major POPs were 4,4’-DDE, mirex, PCB-153 and PCB-138. The concentrations and tissue distribution patterns of environmental contaminants were overall in accordance with previous results in other seabirds. Conversely, some Antarctic prions showed surprisingly high concentrations of BDE-209. This compound has been rarely observed in seabirds before, and its presence in Antarctic prions could be due to the species feeding habits or to the ingestion of plastic debris. Overall, the study shows that relatively lower trophic level seabirds (zooplankton-eaters) breeding in the remote southern Indian Ocean are exposed to a wide range of environmental contaminants, in particular cadmium, selenium and some emerging-POPs, which merits further toxicological investigations.
(Science of the Total Environment. vol. 544, n° 0048-9697, pp. 754–764, 22/06/2026)
LIENSs, INSU - CNRS, ULR, CNRS, CEBC, INRA, ULR, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Conditions for tidal bore formation in convergent alluvial estuaries
(Estuarine, Coastal and Shelf Science. vol. 172, n° 0272-7714, pp. 121 - 127, 22/06/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, CARDAMOM, IMB, UB, Bordeaux INP, CNRS, Inria
Spatial distribution of living (Rose Bengal stained) benthic foraminifera in the Loire estuary (western France)
Ninety-seven surface sediment samples were collected in September 2012 from intertidal and subtidal areas along the Loire estuary (western France). The main objective of this work is to study the spatial distributional patterns of living benthic foraminifera and their link to the environmental parameters (distance to sea, elevation, grain size, total organic carbon, trace metals, sedimentary carbonates, and polycyclic aromatic hydrocarbons) in the Loire estuary. Foraminiferal analysis was also extended to the dead assemblages in thirty-three surface samples from the lower inner estuary. The highest absolute densities of living benthic foraminifera are found in the lower inner estuary within the polyhaline domain. This is attributed to the presence of mudflats with abundant food source, i.e. microphytobenthos. The low densities found in the outer estuary (euhaline domain) are attributed partly to the sandy nature of the sediments and the food source inhabiting this substrate. The near absence of foraminifera in the inner estuary (mesohaline and polyhaline domains) is inferred to the physical disturbance resulting from the regular dredging of the navigation channel. The living assemblages are dominated by three typical estuarine species: Ammonia tepida and Haynesina germanica in the intertidal mudflats of the lower inner estuary and Cribroelphidium excavatum in the sandy subtidal sediments of the lower inner and outer estuary. In the Loire estuary, H. germanica has an unusual intermediate geographical distribution along the estuary between A. tepida and C. excavatum while in most temperate estuaries this species is present upstream in the mesohaline domain. This is most likely the result of the regular dredging of the navigation channel damaging its natural habitat. This might be also the explanation for the total absence of agglutinated species usually dominating the oligohaline domain. The canonical correspondence analysis shows that elevation (and its link to time of emersion), distance to sea (and its correspondence with salinity), and organic carbon content appear to be the primary drivers of foraminiferal distribution. The present study provides for the first time ecological and distribution patterns of living benthic foraminiferal communities in the Loire estuary. This baseline knowledge is necessary for the future studies focusing on the use of benthic foraminifera as bio-indicators in the Loire estuary and in transitional environments in general.
(Journal of Sea Research (JSR). vol. 118, n° 1385-1101, pp. 1-16, 22/06/2026)
BIAF, UA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, LETG-Angers, LETG, UNICAEN, NU, UA, EPHE, PSL, UBO EPE, UR2, CNRS, IGARUN, UN
Ideas and perspectives: Southwestern tropical Atlantic coral growth response to atmospheric circulation changes induced by ozone depletion in Antarctica
Recent Southern Hemisphere (SH) atmospheric circulation, predominantly driven by stratospheric ozone depletion over Antarctica, has caused changes in climate across the extratropics. Here, we present evidence that the Brazilian coast (southwestern Atlantic) may have been impacted from both wind and sea-surface temperature changes derived from this process. Skeleton analysis of massive coral species living in shallow waters off Brazil are very sensitive to air–sea interactions, and seem to record this impact. Growth rates of Brazilian corals show a trend reversal that fits the ozone depletion evolution, confirming that ozone impacts are far reaching and potentially affect coastal ecosystems in tropical environments.
(Biogeosciences. vol. 13, n° 1726-4170, pp. 2379-2386, 22/06/2026)
LARAMG, UERJ, USP, BTP, LOCEAN, IPSL, ENS-PSL, UVSQ, UPMC, CEA, INSU - CNRS, X, CNES, CNRS, MNHN, IRD, UPMC, INSU - CNRS, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, NTU
Study of benthic foraminiferal faunas along the French Mediterranean coasts: a new biotic index in the EU Water Framework Directive
(22/06/2026)
LPG-ANGERS, LPG, UA, UN UFR ST, UN, INSU - CNRS, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Un projet intégratif en vue de protéger la qualité des eaux face aux usages de pesticides dans le vignoble Bordelais
Présentation du projet intégratif "PhytoCOTE" du LabEx COTE de l'Université de Bordeaux (coordination générale : Francis Macary) à la délégation mexicaine de scientifiques spécialisés sur la question de la protection de l'eau dans la zone métropolitaine de Léon.
(pp. 20, 22/06/2026)
UR ETBX, IRSTEA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Spatio-temporal dynamics of per and polyfluoroalkyl substances (PFASs) and transfer to periphytic biofilm in an urban river: case-study on the River Seine
Abstract This study addresses the spatio-temporal dynamics of per and polyfluoroalkyl substances (PFASs) in a highly urbanized freshwater hydrosystem, the Seine River (NW France). The distribution of PFASs between water, sediment, and periphytic biofilm was investigated at three sampling sites along a longitudinal gradient upstream and downstream from the Paris urban area. Seasonal variability was assessed through four sampling campaigns performed under contrasting hydrological conditions. In the dissolved phase, ∑PFASs fluctuated between 2 and 9 ng L−1 upstream and 6–105 ng L−1 downstream from Paris. Negative correlations between dissolved PFAS levels and river flow rate were generally observed, corroborating the predominance of point-source PFAS inputs at these sites. 18/19 target PFASs were detected, with a predominance of PFHxS and PFOS (20% of ∑PFASs each), except for the farthest downstream site where 6:2 FTSA was prevalent (35 ± 8% of ∑PFASs), likely reflecting industrial and urban inputs. In biofilms, ∑PFASs fell in the 4–32 ng g−1 dw range, and substantial bioconcentration factors (BCFs) were reported for PFNA, PFDA, and PFOS (log BCF 2.1–4.3), higher than those of PFHxS or PFOA. BCFs varied inversely with dissolved PFAS levels, potentially pointing to concentration-dependent bioaccumulation. Biofilm community characteristics (C/N ratio) may also be an influential determinant of PFAS bioaccumulation.
(Environmental Science and Pollution Research. vol. 25, n° 0944-1344, pp. 1-9, 22/06/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, UR HBAN, IRSTEA
Modelling the alongshore variability of optimum rip current escape strategies on a multiple rip-channelled beach
Rip currents are a leading cause of drowning on beaches worldwide. How bathers caught in a rip current should attempt to escape has been a subject of recent debate. A numerical model of human bathers escaping from a rip current flow field is applied to a 2-km long section of the open beach of Biscarrosse, SW France. The study area comprises 4 rip channels that visually appear similar from the beach, but exhibit different morphologies. Simulations are run for 2 representative hazardous summer wave conditions. Results show that small changes in the bar/rip morphology have a large impact on the rip flow field, and in turn on the alongshore variability of the optimal rip current escape strategy. The overall flow regime (dominant surf-zone exits versus dominant recirculation), which is found to be influenced by the alongshore dimensions of the sand bars adjacent to the rip channel, is more important to rip current escape strategy than rip velocity. Flow regime was found to dictate the success of the stay afloat strategy, with greater success for recirculating flow. By comparison, the dominant longshore feeder current and rip-neck orientation determined the best direction to swim parallel toward. For obliquely incident waves, swim parallel downdrift then swim onshore with breaking waves was highly successful and can become a simple safety message for beach safety practitioners to communicate to the general public. However, in SW France where rip spacing is large (∼400 m), surf-zone eddies have large spatial scales of the order of 100+ m, requiring a large distance (100+ m) to swim to reach safety, therefore requiring good swimming ability. This also shows that in addition to rip current intensity, rip flow regime and the depth of adjacent sand bars, rip spacing is important for defining rip current hazard and the best safety message. Our results also indicate that for normal to near-normal wave incidence, rip current hazard and best rip current escape strategy are highly variable alongshore due to subtle differences in bar/rip morphology from one rip system to another. These findings challenge the objective of developing a universal rip current escape strategy message on open rip-channelled beaches exposed to normal to near-normal wave incidence, even for seemingly similar rip channels.
(Natural Hazards. vol. 81, n° 0921-030X, pp. 663-686, 22/06/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, UNSW