Modulation de la toxicité des métaux vis-à-vis du développement des biofilms de cours d'eau (bassin versant de Decazeville, France)
Des études de terrain sur des biofilms matures nous ont permis de souligner une modulation de la toxicité des métaux lourds (cadmium, zinc) en fonction de la disponibilité nutritive. Ainsi, le long d'un gradient de contamination organique et métallique (bassin versant de Decazeville, France), le biofilm se développe plus abondamment (en épaisseur, en densité) dans des conditions nutritives élevées, et de façon comparable en conditions de contamination organique importante et de contaminations combinées nutriments / métaux. L'épaisseur du biofilm exerce un effet protecteur des métaux par : (i) l'existence de gradients de diffusion limitant leur pénétration vers les couches internes du biofilm, (ii) une mortalité élevée des cellules superficielles de la matrice, agissant comme une barrière supplémentaire, (iii) la production par les organismes de polypeptides complexant le métal sous forme moins biodisponible.
(Cryptogamie Algologie. vol. 29, n° 0181-1568, pp. 201-216, 09/04/2026)
UR REBX, CEMAGREF, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Analysis of the Flavobacterium psychrophilum outer-membrane subproteome and identification of new antigenic targets for vaccine by immunomics
Flavobacterium psychrophilum is an important infectious Gram-negative bacterium causing cold-water disease (CWD) and rainbow trout fry syndrome. Outer-membrane proteins (OMPs) are key molecules with regard to the interface between the cell and its environment. Therefore, we sought to define the outer-membrane (OM) subproteome of F. psychrophilum in order to gain insight into the biology and pathogenesis of this bacterium and to identify the dominant antigens targeted by the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immune system during infection. First, OMs were prepared from a cell-envelope suspension by differential Sarkosyl (sodium lauryl sarcosinate) solubility. We then isolated the OMPs and identified 36 proteins from 34 spots resolved by two-dimensional electrophoresis and LC-MS/MS. An immunoproteomic approach using antibodies from CWD-convalescent rainbow trout was then used to identify 25 immunoreactive F. psychrophilum antigens that may be relevant in pathogenesis and diagnosis. These included the previously characterized surface-exposed OMPs OmpA, OmpH/P18 and FspA, as well as newly described antigenic proteins. This study provides a number of novel candidate proteins for developing vaccine(s) against flavobacteriosis infection in aquaculture.
(Microbiology. vol. 154, n° 1350-0872, pp. 1793-1801, 09/04/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, VIM (UR 0892), INRA, PGFB
TRAITEMENT DES DONNEES TOPOGRAPHIQUES ET BATHYMETRIQUES ACQUISES SUR LE LITTORAL AQUITAIN : OPTIMISATION DES MESURES EFFECTUEES EN QUAD ET AU THEODOLITE
Dans cette communication, nous présenterons les méthodes originales développées pour le traitement des données topographiques et bathymétriques acquises sur le littoral aquitain, afin d'aboutir à une cohérence centimétrique sur les jeux de données d'origine très différentes. Ce programme de traitement est soutenu par l'ANR VULSACO et par le projet ECORS (SHOM/EPOC)
(09/04/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, OASU, UB, INSU - CNRS, ULR, CNRS, INRAE, L3AB, UB, INSU - CNRS, CNRS, LAB, UB, INSU - CNRS, CNRS
Seasonal record of foraminiferal export fluxes in the Bay of Biscay
(09/04/2026)
LPGN, UN, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Diatoms preserved in surface sediments of the northeastern Kerguelen Plateau
An ''island mass effect'' was observed from the sedimentary distribution of diatoms on the northeastern Kerguelen Plateau. Five new samples placed in context to species distributions previously reported from the Permanently Open Ocean Zone (POOZ) revealed a plateau community dominated by three species/taxa: Fragilariopsis kerguelensis, Thalassionema nitzschioides f. nitzschioides and Chaetoceros Hyalochaete resting spores. Intermediate abundances of Thalassiosira antarctica were unique to the plateau sediment signature as were increased abundances of Eucampia antarctica v. antarctica. The off-plateau sediment sample contained typical POOZ sediment distributions dominated by F. kerguelensis, Thalassiosira lentiginosa and Thalassiothrix antarctica. The role of deposition from the surface waters to the sediments was investigated by comparison to the diatom thanatocoenose observed in surface waters. These results suggest that the use of sediment abundances of C. Hyalochaete resting spores and F. kerguelensis to determine past productivity events (such as wind-sourced iron enrichment of the Southern Ocean at the Last Glacial Maximum) is not straightforward. The elevated abundance of T. nitzschioides f. nitzschioides on the plateau did not indicate an iron-deplete regime but the converse. For the evaluation of paleo-productivity hypotheses for the open Southern Ocean, we suggest caution in the use of Subantarctic and Kerguelen Plateau sediment signatures, and emphasize that there is a need to also study Antarctic coastal and especially sea-ice melt-water stimulated blooms. r
(Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. vol. 55, n° 0967-0645, pp. 677-692, 09/04/2026)
LOB, INSU - CNRS, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, MIO, IRD, AMU, INSU - CNRS, UTLN, CNRS, LMGEM, CNRS
Fixed point strategies for elastostatic frictional contact problems
Several fixed point strategies and Uzawa algorithms (for classical and augmented Lagrangian formulations) are presented to solve the unilateral contact problem with Coulomb friction. These methods are analyzed, without introducing any regularization, and a theoretical comparison is performed. Thanks to a formalism coming from convex analysis, some new fixed point strategies are presented and compared to known methods. The analysis is first performed on continuous Tresca problem and then on the finite dimensional Coulomb problem derived from an arbitrary finite element method.
(Mathematical Methods in the Applied Sciences. vol. 31, n° 0170-4214, pp. 415-441, 09/04/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, ICJ, ECL, UCBL, INSA Lyon, INSA, UJM, CNRS
SPM fluxes estimates from discrete monitoring : comparison of calculation methods and uncertainties
The SPM (suspended particulate matter) fluxes temporal variabilities are even more complex than water flows and are therefore very difficult to estimate. In France, SPM are surveyed within the national water quality survey system (RNB) and are monitored with a bimonthly or monthly frequency, as other water quality indicators. The flux calculation methods and their related uncertainties on the basis of an experimental data set of continuous – i.e. daily monitoring for contrasted river basins ranging from 100 to 100 000 km2 (in France and in USA, 60 stations totalling 600 station-year of daily SPM and flows). The uncertainties, biases, and errors, result from the analysis of the distribution of errors made on simulated surveys at various frequencies (3, 5, ... 30 days) in comparison to the same value. The duration curves of SPM fluxes and the key indicator M2 %, i.e. the percentage of SPM carried in 2 % of time on a multiannual period (4 to 20 y), are then determined. The M2 % indicator is used to build-up a nomograph linking biases (median or errors) and imprecision (difference between upper and lower deciles of errors) to monitoring frequencies (3, 4, ... 30 days). This nomograph can be used to : i) optimize surveys frequencies, given a flux error target, or to ii) associate error bars. The nomograph is so far established for the mean discharge-weighted concentration method, one of the most common method with the rating curve method.
(La Houille Blanche - Revue internationale de l'eau. vol. 4, n° 0018-6368, pp. 64 à 71, 09/04/2026)
SISYPHE, UPMC, EPHE, PSL, PSL, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, CEFREM, UPVD, INSU - CNRS, CNRS, LTHE, OSUG, UJF, Grenoble INP, INSU - CNRS, IRSTEA, USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry], CNRS, IRD, INSU - CNRS, INPG, CNRS, EDF [E.D.F.], AEE
Assessment of the ecological quality status of soft-bottoms in Reunion Island (tropical Southwest Indian ocean) using AZTI marine biotic indices
(Marine Pollution Bulletin. vol. 56, n° 0025-326X, pp. 704-722, 20/12/2007)
ECOMAR, UR, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, LOBB, OOB, UPMC, CNRS, UPMC, INSU - CNRS, CNRS, LMGEM, CNRS
Net and gross incorporation of nitrogen by marine copepods fed on 15N labelled diatoms: methodology and trophic studies
The stable isotope of nitrogen (15N) and an appropriate three-compartment model were used in two 24-h lasting feeding experiments to trace the flow of N through the copepod Acartia discaudata and Calanus helgolandicus fed on 15N-labelled Skeletonema costatum and Thalassiosira weissflogii, respectively. Details of the labelling technique and principles of the computation of N transport rates are given. At the end of a single 24-h feeding period only about one third of the total amount of N ingested by A. discaudata was incorporated into the copepod's body N; we refer to this rate as net incorporation. Most of the N ingested was lost as ammonium (48% of total N ingested), followed by losses in the form of eggs + fecal pellets (13%) and dissolved organic N (DON, 9%). The sum of net incorporation and the latter losses is defined as gross incorporation. Net incorporation by C. helgolandicus and N losses did not vary over time during a 24 h lasting time-series feeding experiment. On average, 79% of total N ingested was actually incorporated by the copepod whereas mean N losses as ammonium, eggs + fecal pellets represented only 12 and 9%, respectively. After a 24-h feeding period only 2% of N ingested was lost as DON. Inspection of individual DON pathways showed that both A. discaudata and C. helgolandicus highly contributed to total DON production via direct excretion (79 and 64%, respectively). The remaining DON appearing in the DON pool was derived from phytoplankton via direct release and/or indirect release (copepod ‘sloppy feeding’).
(Journal of Experimental Marine Biology and Ecology. vol. 352, n° 0022-0981, pp. 295-305, 14/12/2007)
ELICO, ULCO, CNRS, ULCO, AD2M, SBR, UPMC, CNRS, UPMC, CNRS, LEMAR, IRD, IFREMER, UBO EPE, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
PROCESSUS BIOGEOCHIMIQUES DES ZONES INTERTIDALES DES SYSTEMES LAGUNAIRES : LE BASSIN D'ARCACHON (SW, FRANCE)
Les environnements lagunaires, interfaces entre le continent et l'océan, sont sujets à d'importants apports continentaux qui supportent une forte production biologique. Cette richesse écologique unique en fait des écosystèmes parmi les plus productifs de la planète à l'origine d'une activité économique importante. La gestion et la préservation de ces milieux sont difficiles car l'étude des cycles biogéochimiques est encore incomplète. Dans le cadre de cette thèse, qui s'inscrit dans le Programme National d'Environnement Côtier " Chantier Littoral Atlantique " et l'ANR PROTIDAL, un effort particulier est mis sur le rôle des zones intertidales dans le bilan du métabolisme net du système lagunaire du Bassin d'Arcachon, les processus biogéochimiques aux différentes interfaces et leurs interactions avec les cycles tidaux, les mécanismes pélagiques et le degré de colonisation biologique du substrat à différentes échelles de temps (marée, saison). Il a été démontré que les eaux des chenaux tidaux drainant les platiers intertidaux à marée descendante étaient le résultat de la percolation, diffusion et advection d'eaux interstitielles anoxiques depuis les sédiments vaseux et sableux. Ces eaux sont enrichies en produits de dégradation de la matière organique, tels que l'ammonium, les phosphates, le SCO2, le CH4 et les métaux dissous. Un premier essai de bilan à l'échelle de la lagune démontre l'importance de ce processus de pompage tidal dans le budget global en sels nutritifs de la lagune. La colonisation du substrat par les herbiers de macrophytes apparaît comme un facteur déterminant sur les associations biologiques et les distributions géochimiques des espèces biogènes. Une stratification de l'eau interstitielle est observée sur certains profils reflétant leur production, leur consommation par les processus de minéralisation de la matière organique, leur prélèvement par le système racinaire des macrophytes, et des mécanismes de transports biologiques ou physiques. A la différence des sédiments subtidaux et stationnaires, dans lesquels la diffusion moléculaire est le premier mécanisme de transport des solutés, la distribution verticale géochimique dans les sédiments intertidaux est dominée par la bioirrigation et les interactions avec les macrophytes, conférant une très forte hétérogénéité spatiale et saisonnière. Une interaction très forte entre les cycles du fer et du phosphore avec la dynamique annuelle de ces herbiers a été découverte, précisant que le rapport entre la surface couverte par les herbiers et celle non-végétalisée est un paramètre majeur du bilan de masse en phosphore dans le Bassin d'Arcachon. Ce travail propose également la première estimation d'un bilan des sources, puits et flux de méthane aux différentes interfaces dans le Bassin d'Arcachon et dans un environnement lagunaire tempéré. Les rivières et les sédiments lagunaires représentent les deux sources pour la colonne d'eau. L'essentiel du méthane produit est oxydé dans les sédiments par les sulfates entrainant de faibles flux benthiques. Les flux atmosphériques depuis les eaux et les sédiments du Bassin d'Arcachon sont faibles en comparaison à ceux estimés dans d'autres systèmes côtiers. Ce bilan montre que la totalité du CH4 apporté par les rivières et diffusé depuis les sédiments vers la colonne d'eau de la lagune, est transférée vers l'atmosphère au cours de la résidence des eaux dans la lagune, et que cet écosystème est une source nulle de méthane pour l'océan côtier ouvert.
(06/12/2007)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS