Modelling analysis of tidal bore formation in convergent estuaries
(31/08/2026)
CARDAMOM, IMB, UB, Bordeaux INP, CNRS, Inria, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Influence des hydrophytes sur la biogéochimie : le cas des isoétides et des exotiques dans les lacs aquitains
Durant les dernières décennies, plusieurs études ont caractérisé les communautés de macrophytes des lacs aquitains (sud-ouest de la France). Parmi elles, les pelouses littorales amphibies à Lobelia dortmanna et Littorella uniflora, présentent un fort intérêt en termes de valeur patrimoniale et de biodiversité. Ces lacs sont également le lieu de colonisations par des plantes exotiques à caractère envahissant, dont les hydrophytes caulescentes Egeria densa et Lagarosiphon major. La présence de ces deux types de communautés aux caractéristiques biologiques et écologiques relativement éloignées, engendre des conséquences divergentes dans l’évolution du niveau trophique des eaux et l’accumulation de matières organiques dans les lacs. L’objectif principal des travaux présentés dans ce rapport est de mieux comprendre comment ces deux communautés végétales, isoétides et hydrophytes caulescentes, modifient l’environnement qu’elles colonisent, dans un contexte d’étude des processus d'eutrophisation des plans d’eau peu profonds et d’élaboration de leur gestion. Les travaux menés pendant la période 2013-2014 ont porté sur l’étude des flux de gaz et nutriments au sein d’herbiers de macrophytes, notamment le niveau d’oxygénation des eaux et les concentrations en carbone inorganique susceptibles d’être rejetées dans l’atmosphère sous forme de méthane. Le projet a consisté en des approches de modélisation et des méthodes expérimentales sur le terrain, appliquées à différentes échelles spatio-temporelles. Des incubations en chambres benthiques ont été conduites pour mesurer les flux de gaz et de nutriments ; des cycles de prélèvements de 24 heures ont été effectués dans les herbiers ; les données obtenues sur plusieurs stations ont été traitées statistiquement pour souligner des corrélations entre certains paramètres hydromorphologiques des lacs et la typologie des communautés végétales analysées. Les données obtenues ont ainsi permis de répondre à un certain nombre d’hypothèses concernant le fonctionnement écologique de deux communautés des macrophytes dans le lac de Lacanau et dans le lac de Cazaux-Sanguinet. Dans les cas du biotope à isoétides, il s’agit d’un système autotrophe où la présence de ces plantes contribue de façon importante à l’oxygénation du sédiment, à l’oxydation du méthane et la fixation du carbone. C’est donc un argument de plus pour intensifier la conservation et la protection des milieux colonisés par ces plantes. Dans le cas du biotope à hydrophytes caulescentes, il s’agit d’un système très productif qui retient une grande quantité de carbone dans les biomasses végétales. En même temps, il s’agit d’un milieu où l’accumulation progressive de biomasse constitue un risque pour l’oxygénation des eaux et pour la mobilisation de nutriments dans la colonne d’eau. Cependant, les prospections effectuées dans les lacs médocains ont montré l’absence de progression et une faible dynamique des herbiers, ceux-ci restant confinés dans les secteurs particuliers des lacs, tels que les anses, criques et les secteurs aménagés par l’homme.
(pp. 16, 31/08/2026)
UR EABX, IRSTEA, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
First isolation of a rhabdovirus from perch Perca fluviatilis in Switzerland
Perca fluviatilis is a fish species of increasing interest to the Swiss fish farming industry. In recent years, recirculation systems have been specifically set up to increase production. In one of these farms, abnormal spiral swimming associated with elevated mortalities occurred in repeated batches of imported perch shortly after stocking on several occasions. No bacterial or parasitic etiology was detected, but a virus grown in bluegill fry (BF-2) cells was identified as perch rhabdovirus. Subsequent investigations of other samples suggested a viral tropism for the central nervous system (CNS). Phylogenetic analysis of the partial N and entire G gene sequences positioned this isolate in genogroup C of the species Perch rhabdovirus, with high nucleotide and amino acid (aa) sequence identities with the DK5533 strain isolated in Denmark in 1989. Comparative studies using other closely related isolates allowed the distinction of 2 serological patterns among perch rhabdoviruses and the identification of a proline substitution by a serine in position 147 of the glycoprotein potentially involved in antigenic differentiation. Even if perch imported onto the farm tested negative by virus isolation prior to transport, they may have been the origin of this outbreak since CNS tissue was not included in the samples that were analyzed. Another possibility might be a sub-clinical infection with a viral load in resident fish too low to be detected. This study reports the first isolation of a perch rhabdovirus in Switzerland, and emphasizes the necessity of optimizing diagnostic tools that facilitate better control of the risks associated with fish translocation.
(Diseases of Aquatic Organisms. vol. 116, n° 0177-5103, pp. 93-101, 31/08/2026)
UNIBE, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, ANSES
The ocean sampling day consortium
Ocean Sampling Day was initiated by the EU-funded Micro B3 (Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics, Biotechnology) project to obtain a snapshot of the marine microbial biodiversity and function of the world’s oceans. It is a simultaneous global mega-sequencing campaign aiming to generate the largest standardized microbial data set in a single day. This will be achievable only through the coordinated efforts of an Ocean Sampling Day Consortium, supportive partnerships and networks between sites. This commentary outlines the establishment, function and aims of the Consortium and describes our vision for a sustainable study of marine microbial communities and their embedded functional traits.
(GigaScience. vol. 4, pp. 27, 31/08/2026)
NERC, AD2M, SBR, UPMC, CNRS, UPMC, CNRS, IOLR, AWI, HCMR, DTU, SBR, UPMC, CNRS, UCC, IRB, OFFIS, ULISBOA, ISMAR, CNR, GEOMAR, SYKE, NOAA, UiB, CIIMAR, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, CINVESTAV, USC, LOMIC, OOB, UPMC, CNRS, UPMC, CNRS, UDELAR, CSIRO, SARDI, VLIZ, CEFAS, UAlg, LOV, OOVM, UPMC, INSU - CNRS, CNRS, UPMC, INSU - CNRS, CNRS, UTAS, CRIOBE, UPVD, EPHE, PSL, CNRS, UPV / EHU, UM5, USMBA, UAE, BAS, EMBL-EBI, EMBL, UBO EPE, DEÜ, Unipd, NTU, IPMA, IGS, AMU, CNRS, OGS, RUSL, USM, UiO, ICM, CSIC, MU, SZN, UNIVPM, BAS, NERC, UAF, MBL, ANL, UC Berkeley, UC
Rôle des interactions plante-plante dans la réponse des forêts au changement climatique : l’exemple des forêts de chêne sessile et de hêtre dans les Pyrénées Occidentales
Les recherches concernant l’impact du changement climatique sur les forêts, telles que les modèles d’enveloppes climatiques et les modèles phénologiques, ignorent les interactions biotiques. Notre objectif est l’étude du rôle médiateur des interactions chêne-hêtre dans leur réponse au changement climatique dans les Pyrénées Occidentales. Des études préliminaires suggèrent que des différences importantes de sensibilité phénologique à la température entre ces espèces pourraient expliquer leur répartition altitudinale actuelle et l’évolution de leur balance compétitive avec le changement climatique. Nous présentons ici les résultats d’une expérimentation réalisée in situ et ayant pour but de quantifier les variations d’interactions entre des plantules de ces deux espèces et les arbres adultes le long d’un gradient altitudinal. Les résultats pour la survie des plantules montrent une augmentation importante de la compétition en altitude pour le chêne seulement. C’est le manque de chaleur à l’ombre du hêtre à haute altitude qui limite actuellement la longueur de la saison de végétation du chêne et sa progression en altitude. Le réchauffement climatique devrait diminuer la compétition subie par le chêne relativement au hêtre de par sa plus grande sensibilité phénologique à la température et ainsi exacerber les effets du changement climatique sur la migration altitudinale de ces deux espèces.
(Innovations Agronomiques. vol. 47, n° 1958-5853, pp. 97-108, 31/08/2026)
EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, UNINE, BioGeCo, INRA, UB
Malmgrenia louiseae sp. nov., a new scale worm species (Polychaeta: Polynoidae) from southern Europe with a key to European Malmgrenia species
Malmgrenia louiseae sp. nov. is described from both the Western Mediterranean in the Gulf of Lions, and the Northeast Atlantic from off Portugal and the Bay of Biscay. The species was found in muddy sediments in shallow water and is possibly associated with echiurids or synaptid holothurians. Malmgrenia louiseae sp. nov. can be clearly distinguished from all other known Malmgrenia species by the presence of an infra-acicular process in addition to the supra-acicular process on the acicular lobe of the neuropodia, the lack of microtubercules on the elytra, two kinds of notochaetae (stout with blunt tip and slender with fine pointed tip), and exclusively unidentate neurochaetae. An identification key to the Northeast Atlantic and Mediterranean Malmgrenia species is provided.
(Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom. vol. 95, n° 0025-3154, pp. 947-952, 31/08/2026)
LIENSs, INSU - CNRS, ULR, CNRS, CESAM, Thomson Unicomarine, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, LECOB, OOB, UPMC, CNRS, UPMC, CNRS
The region of the Strandja Sill (North Turkey) and the Messinian events
The two sides of the Strandja Sill show a highly discontinuous stratigraphic succession since the Late Oligocene. This area, together with the Sea of Marmara Basin, is usually proposed as the gateway for the Paratethyan freshwaters and organisms that constituted the Lago Mare facies in the Mediterranean Sea during the Messinian Salinity Crisis (MSC). Our investigations involving new field observations and datings, together with previous studies, suggest that the sill has possibly experienced such a connection at around 8 Ma, i.e. significantly before the crisis. The proposal of a sea-level drop of the Black Sea before 7 Ma is not supported by our data on dinoflagellate cysts. Consistency of calcareous nannofossil succession at DSDP Site 380 is reinforced, allowing to reassert that subaerial erosion impacted both the southwestern Black Sea and the central Marmara – Dardanelles area during the peak of the MSC. At that time, this region was crossed by two oppositely directed fluvial networks, further supporting the absence of a marine gateway through the Strandja Sill. It is concluded that none of the Lago Mare events recorded in the Mediterranean during the MSC were the consequence of the passage of Paratethyan waters and organisms through this area. In the Black Sea, the well-dated Messinian fluvial erosion can be followed offshore. The overlying prograding deltaic deposits attest to a fast marine reflooding after the crisis. This constitutes a comprehensive erosion-sedimentation model in an area intensively explored for hydrocarbons.
(Marine and Petroleum Geology. vol. 66, n° 0264-8172, pp. 149-164, 31/08/2026)
iSTeP, UPMC, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, ITÜ, IFREMER, IPGP, INSU - CNRS, UPD7, UR, IPG Paris, CNRS, GeoEcoMar, CR2P, MNHN, UPMC, CNRS, CEREGE, IRD, INRA, AMU, CdF (institution), INSU - CNRS, CNRS, AYBE, ITÜ, Cerema, NIHWM
Mercury mobilization and speciation linked to bacterial iron oxide and sulfate reduction: A column study to mimic reactive transfer in an anoxic aquifer
Mercury (Hg) mobility and speciation in subsurface aquifers is directly linked to its surrounding geochemical and microbial environment. The role of bacteria on Hg speciation (i.e., methylation, demethylation and reduction) is well documented, however little data is available on their impact on Hg mobility. The aim of this study was to test if (i) Hg mobility is due to either direct iron oxide reduction by iron reducing bacteria (IRB) or indirect iron reduction by sulfide produced by sulfate reducing bacteria (SRB), and (ii) to investigate its subsequent fate and speciation. Experiments were carried out in an original column setup combining geochemical and microbiological approaches that mimic an aquifer including an interface of iron-rich and iron depleted zones. Two identical glass columns containing iron oxides spiked with Hg(II) were submitted to (i) direct iron reduction by IRB and (ii) to indirect iron reduction by sulfides produced by SRB. Results show that in both columns Hg was leached and methylated during the height of bacterial activity. In the column where IRB are dominant, Hg methylation and leaching from the column was directly correlated to bacterial iron reduction (i.e., FeII release). In opposition, when SRB are dominant, produced sulfide induced indirect iron oxide reduction and rapid adsorption of leached Hg (or produced methylmercury) on neoformed iron sulfides (e.g., Mackinawite) or its precipitation as HgS. At the end of the SRB column experiment, when iron-oxide reduction was complete, filtered Hg and Fe concentrations increased at the outlet suggesting a leaching of Hg bound to FeS colloids that may be a dominant mechanism of Hg transport in aquifer environments. These experimental results highlight different biogeochemical mechanisms that can occur in stratified sub-surface aquifers where bacterial activities play a major role on Hg mobility and changes in speciation.
(Journal of Contaminant Hydrology. vol. 180, n° 0169-7722, pp. 56 - 68, 31/08/2026)
BRGM, UNIGE, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Photolysis of natural β-triketonic herbicides in water.
The fate of four natural β-triketones (leptospermone, isoleptospermone, grandiflorone and flavesone, pKa = 4.0–4.5) in aqueous solution, in the dark and upon simulated solar light irradiation was investigated. In anionic form, β-triketones undergo slow dark oxidation and photolysis with polychromatic quantum yields varying from 1.2 × 10−4 to 3.7 × 10−4. Leptospermone and grandiflorone are the most photolabile compounds. In molecular form, β-triketones are rather volatile. Polychromatic quantum yields between 1.2 × 10−3 and 1.8 × 10−3 could be measured for leptospermone and grandiflorone. They are 3–5 times higher than for the anionic forms. Photooxidation on the carbon atom bearing the acidic hydrogen atom is the main oxidation reaction, common to all the β-triketones whatever their ionization state. However, leptospermone shows a special photoreactivity. In molecular form, it mainly undergoes photoisomerization. Based on this work, the half-lives of β-triketones in surface waters should be comprised between 7 and 23 days.
(Water Research. vol. 78, n° 0043-1354, pp. 28-36, 31/08/2026)
ICCF, UBP, SIGMA Clermont, INC-CNRS, CNRS, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS
Impact de deux antifouling, l’irgarol 1051 et le diuron sur la physiologie de deux souches de la micro-algue marine Tetraselmis suecica
L’irgarol 1051 (I) et le diuron (D) sont deux biocides couramment utilisés dans les peintures antifouling et les antimousses. Ils ciblent directement le photosystème II en inhibant le transfert d'électrons entre les quinones A et B. De par ce mode d’action, de nombreuses cibles indirectes peuvent être affectées en cas de contamination environnementale. Les effets de ces deux composés ont été étudiés, seuls et en mélange, sur deux souches d’une espèce de phytoplancton marin, Tetraselmis suecica : une souche "sauvage" (CCMP 904) (TS) et une souche résistante au diuron (TM) obtenue récemment au Laboratoire d’Ecotoxicologie (Stachowski-Haberkorn et al., 2013). Les effets des molécules ont été étudiés, chez les deux souches, sur la croissance, le rendement photosynthétique, la présence d'espèces réactives de l'oxygène (EROs, par cytométrie en flux) et le contenu relatif en lipides intracellulaires (cytométrie en flux) après une exposition de 6 jours. Les conditions d’exposition étaient les suivantes : I0.05, I0.1 et I0.5 μg.L-1 ; D0.5, D1 et D5 μg.L-1 ; quatre mélanges (en μg.L-1) MixA : D5 + I0.5 ; MixB : D5 + I0.1 ; MixC : D1 + I0.5 ; MixD : D1 + I0.1. En parallèle, le séquençage du gène psbA codant pour la protéine D1 du photosystème II (cible du diuron) a été entrepris sur les deux souches afin de déterminer l’origine de la résistance à la molécule chez la souche TM. Les résultats obtenus ont montré que le diuron avait induit des effets significatifs sur l’ensemble des paramètres étudiés de la souche TS à la concentration de 5 μg.L-1 : augmentation de 125% (± 2.3%) du temps de doublement, augmentation de 43% (± 1.8%) de la fluorescence relative à la présence d’EROs, diminution de 25% (± 1.8%) du rendement photosynthétique et de 38% (± 1.9%) du contenu lipidique relatif. L’irgarol à 0,5 μg.L-1, a également entraîné des effets significatifs sur l’ensemble des paramètres physiologiques : +19% (± 2%) sur le temps de doublement, +45% (± 4.6%) sur la fluorescence relative à la présence d’EROs, -2% (± 0.6%) sur l’efficacité de photosynthèse et -21% (± 1.3%) sur le contenu lipidique relatif. Suite à l’exposition de la souche aux quatre mélanges, les résultats ont montré des effets cumulés et progressifs (MixA> MixB> MixC> MixD) des molécules sur l’ensemble des paramètres. Pour la souche résistante au diuron, le séquençage de l’ARNm codant pour la protéine D1 a montré une mutation de G en A dans le domaine de liaison de la quinone à la position 661 de la séquence cds. Cette mutation correspond à un changement de la valine en isoleucine en position 221 dans la séquence d'acides aminés de la protéine. Cette mutation a permis à la souche de résister au diuron (aucun effet significatif enregistré quelle que soit la concentration d’exposition). Cependant, cette mutation n’a pas permis de résister à un herbicide au mode d’action similaire puisque l’irgarol à la concentration 0.5 μg.L-1 a engendré des effets délétères sur chacun des paramètres physiologiques : +19% (± 3.4%) sur le temps de doublement, +20% (± 5%) sur la fluorescence relative à la présence d’EROs, -8% (± 0.7%) sur l’efficacité de photosynthèse et -15% (± 2.8%) sur le contenu lipidique relatif. D’autre part, les résultats des expositions réalisées avec les mélanges ont montré des effets synergiques entre les deux molécules bien que le diuron seul n’ait pas eu d’effet (MixA> MixC> MixB> MixD). Ainsi, cette étude démontre la toxicité élevée de ces deux biocides pour l’espèce Tetraselmis suecica. Elle démontre également que la mutation mise en évidence, permettant une résistance au diuron, ne permet pas nécessairement une résistance à un autre inhibiteur du photosystème II. Elle souligne donc la nécessité (i) de considérer les mélanges dans l’évaluation de la toxicité des molécules et (ii) de surveiller le devenir dans l'environnement de ces deux composés encore autorisés dans de nombreux pays dont des pays européens (irgarol).
(pp. 34, 31/08/2026)
UR EABX, IRSTEA, IFREMER, EPOC, EPHE, PSL, UB, INSU - CNRS, CNRS, UB